有了核心 SNP 集，接下来就是拿它和表型做关联。这篇用 fastlmmc 的混合线性模型走一遍，从表型文件重排、亲缘矩阵和群体结构校正，到 14 个性状的 Manhattan 图和 QQ 图，性状换成自己的即可。 有了基因型矩阵和表型，问题就变成哪个位点与性状相关。植物群体里做 GWAS 的主要障碍是群体结构和亲缘关系。群体结构指样本来自不同亚群，等位基因频率本身就有系统性差异；亲缘关系指个体之...