维燕的数字花园： 基于 pypiserver 的 PyPI 私有仓库搭建实践
2019-06-012021-06-25 背景¶ 前几天，在不同的 CentOS 7 服务器上尝试部署同一个发行版本的 Galaxy 生物信息分析平台（Galaxy Project：云计算背景下诞生的...
维燕的数字花园： 生物信息学博客与论坛
2019-05-292021-06-25 关于生物信息学的博客与论坛。只列出了一些有个人域名的独立博客，基于其他平台（如简书、CSDN、语雀等）的个人站点暂时不包含在本文章范围。 国内篇¶ ...
维燕的数字花园： 使用 conda 和 Jupyter 在 R 中实现数据科学分析
一、引言¶ 2019-05-272021-06-30 Jupyter（以前叫 iPython）已经被数据科学家，研究人员和分析师广泛采用。Jupyter 的笔记本用户界面可以将可执行代码与叙述性文本...
维燕的数字花园： R 软件如何升级
2019-05-252021-06-25 https://www.r-bloggers.com/updating-r/
维燕的数字花园： R 软件的 CXX11 is not defined 解决
2019-05-242021-06-25 在 CentOS-6.5 下使用源码安装的 R-3.6.0 在安装包的时候出现 “C++11 standard requested but CXX11 is ...
维燕的数字花园： R 软件 openssl 包与 libssl.so.1.0.0 的一个坑
2019-05-242021-06-25 在使用 enrichplot 包解决 openssl 包依赖的时候，发现提示 libssl.so.1.0.0 动态库找不到： > install.pac...
维燕的数字花园： Python 执行 shell 命令
2019-05-212021-06-30 subprocess import subprocess transid = str(subprocess.check_output(['grep' , ...
维燕的数字花园： Python 的列表/字典/元组技巧
2019-05-182023-01-06 1. 字典排序¶ 我们知道 Python 的内置 dictionary 数据类型是无序的，通过 key 来获取对应的 value。可是有时我们需要对 dict...
维燕的数字花园： 癌症中克隆种群结构统计推断分析软件PyClone安装小记
2019-05-182021-06-25 PyClone 是一种用于推断癌症中克隆种群结构的统计模型。 它是一种贝叶斯聚类方法，用于将深度测序的体细胞突变集分组到假定的克隆簇中，同时估计其细胞流行率...
维燕的数字花园： LEfSe 分析软件安装小记
2019-05-182021-10-31 问题¶ 源码下载的 LEfSe，或者使用 conda install -c bioconda lefse 安装完成后，执行分析出现报错： $ lefse-fo...